Gmina Terespol położona jest w korytarzu ekologicznym o randze międzynarodowej i krajowej, na obszarach o dużych wartościach przyrodniczych, uznanych za Ekologiczny System Obszarów Chronionych oraz sieci ekologicznych, a także w obszarze Nadbużańskiego Obszaru Chronionego Krajobrazu, Parku Krajobrazowego "Podlaski Przełom Bugu", rezerwatów przyrody "Czapli Stóg" oraz "Szwajcaria Podlaska".


Głównym elementem hydrosfery gminy jest rzeka Bug, płynąca na całej jej granicy wschodniej, od południowego końca gminy po północny o średnim przepływie 140m3/sek. Ta jedna z większych i najlepiej zachowanych rzek nizinnych w Polsce utrzymała swoje naturalne koryto i trasy zalewowe. Przez gminę przepływa ponadto rzeka Krzna wpadająca na terenie gminy do Bugu oraz mała rzeka Czapelka - dopływ Krzny. Pierwotne koryta Bugu i Krzny charakteryzują się meandrami i zabagnieniem w szerokich dolinach.   Pod względem geobotanicznym gmina położona jest na terenie dwóch podregionów Doliny Bugu: "Ujście Krzny - Granne" i "Włodawa - Ujście Krzny" w Krainie Południowo-Mazowiecko-Podlaskiej.


Najcenniejszym pod względem faunistycznym walorem gminy jest dolina z jego terasą zalewową, starorzeczami zaroślami i zadrzewieniami.25 sierpnia 1994 r. rozporządzeniem wojewody bialskopodlaskiego został utworzony Park Krajobrazowy "Podlaski Przełom Bugu" Głównym celem Parku jest zachowanie w stanie nienaruszonym najcenniejszych pod względem przyrodniczym, krajobrazowym i kulturowym fragmentów lewobrzeżnej doliny Bugu w granicach woj. bialskopodlaskiego. Park zajmuje obszar 30904 ha, zaś jego otulina ma 1713 ha. Rozciąga się on wzdłuż rzeki Bug od doliny rzeki Tocznej u części północnej do ujścia Krany do Bugu w części południowej. Długość Parku w linii prostej wynosi 65 km, przeciętna szerokość w części północnej - 6 km, w części południowej 3-5 km. Park wraz z otuliną położony jest w granicach gmin: łosice, Platerów, Sarnaki, Konstantynów, Janów Podlaski, Rokitno, Zalesie i Terespol.
Dominującym elementem środowiska przyrodniczego Parku są tereny leśne oraz połacie lak i pastwisk pokrytych licznymi zadrzewieniami. Ukształtowanie terenu oraz swoisty charakter tutejszego krajobrazu są efektem kilkakrotnych nawrotów i regresji lądolodu w okresie dwóch zlodowaceń (środkowopolskiego i bałtyckiego). Głównym walorem przyrodniczym Parku jest nie poddana regulacji, płynąca meandrującym korytem o dużym stopniu naturalności, rzeka Bug. Jej szeroka, malownicza pradolina z licznymi starorzeczami, dopływami i oczkami wodnymi wytworzyła optymalne warunki dla bogatej szaty roślinnej.
Na terenie Parku stwierdzono występowanie ponad 760 gatunków roślin w tym 22 objętych ochrona gatunkową. Szczególnie cenne jest stanowisko parzydła leśnego, kilka stanowisk orlika pospolitego i lilii złotogłów, bogata gama storczyków i szereg innych gatunków rzadkich lub ginących w skali kraju. Duże kompleksy leśne oraz szczególnie cenne przyrodniczo łęgi wierzbowo-topolowe i olsy porastające stare wyspy, niskie brzegi rzeki oraz obrzeża starorzeczy tworzy środowisko bytowania licznej grupy zwierząt.


Bogatą awifaunę Parku reprezentuje 141 gatunków, w tym wiele rzadkich i ginących jak: orlik krzykliwy, puchacz, bocian czarny, sieweczka obrożna, rybitwa białoczelna.
(z Informatora Dyrekcji Parku).    W granicach parku utworzono na obszarze gminy dwa rezerwaty przyrody na terenach o najwyższych walorach przyrodniczych:
I. Rezerwat "SZWAJCARIA PODLASKA" powstał na mocy decyzji ministra ochrony środowiska, zasobów naturalnych i leśnictwa z 25 stycznia 1995 r. Obejmuje on obszar lasów, łąk i wód o powierzchni 24 ha. Celem ochrony jest zachowanie ze względów naukowych, dydaktycznych i krajobrazowych urozmaiconych drzewostanów położonych na skarpie rzeki Bug z licznymi drzewami o charakterze pomnikowym oraz dużym udziałem roślin rzadkich i chronionych. Teren rezerwatu, położony jest na zachodnim zboczu równiny denudacyjnej, opadającej stromo ku wschodowi, przechodzącej w terasę zalewową rzeki Bug, która powstała wskutek naniesienia przeważnie piaszczystego materiału geologicznego, poprzez jego wymywanie ze zbocza. Tak charakterystyczne położenie na stromym zboczu doliny spowodowało powstanie sieci głębokich wąwozów erozyjnych. Różnice poziomów w rezerwacie dochodzą do 50 m. Najniżej położony teren, obejmujący terasę zalewową rzeki Bug, nosi ślady występowania na tym obszarze starorzeczy, czego dowodem jest staw w części środkowej rezerwatu, stanowiący końcową część ramienia zamulonego starorzecza. Obserwuje się jednak powolne zarastanie zbiornika naturalnego. Gleby, będące elementem środowiska silnie skorelowanym z typem siedliskowym drzewostanu, są w rezerwacie dość zróżnicowane pod względem genezy ich powstania. Zdecydowanie przeważają gleby brunatne, a jedynie w wąskim pasie przyrzecznym oraz dolnym ramieniu starorzecza występują mady oraz czarne ziemie murszowate. Na glebach brunatnych, utworzonych z piasków gliniastych i gliny spłaszczonej, powstały siedliska gradowe lasu świeżego oraz lasu mieszanego świeżego. Na madach ukształtował się łęg wierzbowo-topolowy. Czarne ziemie murszowate wytworzyły się pod łęgiem wiązowo-jesionowym.
Drzewostany rezerwatu są wielopiętrowe. Najwyższe piętro tworzy głównie dąb szypułkowy w wieku 100-140 lat, niższe masowo lipa drobnolistna, a najniższe grab zwyczajny, klon zwyczajny i osika. Jedynie fragmentami w bezpośrednim sąsiedztwie rzeki Bug oraz obrzeża starorzecza porasta olsza czarna z udziałem topoli białej i wierzby białej. Wiele drzew, zwłaszcza lip, sosen, dębów i topoli rosnących na terenie rezerwatu osiąga wymiary drzew pomnikowych.
Niezmiernie interesująca jest też warstwa roślin zielnych, obfitująca w gatunki chronione i rzadkie. Spośród 162 stwierdzonych tu gatunków roślin naczyniowych występują 4 gatunki objęte ochroną całkowitą: wawrzynek wilczełyko, orlik pospolity, naparstnica wielkokwiatowa, lilia złotogłów oraz osiem gatunków objętych ochroną częściową, a wśród nich: kruszyna pospolita, kalina koralowa, paprotka zwyczajna, kopytnik pospolity, marzanka wonna, mrówka wonna.
Zróżnicowane środowisko rezerwatu stanowi doskonałe miejsce dla gniazdowania licznej grupy ptaków, a wśród nich wielu gatunków zagrożonych wyginięciem, takich jak: zimorodek, dudek, dzięcioł czarny, remiz, kwiczoł, derkacz, łabędź niemy. Ponadto gniazdują tu gatunki skrajnie zagrożone wyginięciem, których liczebność gwałtownie maleje na skutek nieodwracalnych zmian w środowisku ich bytowania: perkoz rdzawoszyi, bączek, brodziec krwawodzioby, sieweczka rzeczna, rybitwa zwyczajna, rybitwa białoczelna i kraska (z "Informatora" Dyrekcji Parku).
II. Rezerwat "CZAPLI STÓG", utworzony przez ministra ochrony środowiska, zasobów naturalnych 18 lutego 1987 r., obejmuje obszar lasu sosnowego w wieku ok. 125 lat, o powierzchni 4,82 ha w Leśnictwie Neple Nadleśnictwa Chotyłów w gminie Terespol. Celem ochrony jest zachowanie miejsca lęgowego czapli siwej oraz ostoi 35 gatunków drobnych ptaków śpiewających, w tym 3 3 chronionych. Czapla siwa jest jednym z pięciu gatunków lęgowych czapli na terenie Polski. Ogólną liczebność czapli siwej ocenia się na 8-10 tyś. par, a jej główne ostoje znajdują się na Mazurach, w Wielkopolsce i na Śląsku. Czapla siwa to ptak wysoki (91 cm) o wadze 1600 g, z długimi, powyżej pięt, nieopierzonymi nogami, długą szyją i stosunkowo długim, klinowatym dziobem. Jest wielkości bociana z przewagą barwy jasno szarej, natomiast na głowie, szyi i spodzie ciała dominuje barwa biała. Dziób żółtawy, wiosną pomarańczowy, brew czarna, na potylicy długie, cienkie, czarne ozdobne pióra. Końce skrzydeł, podłużny prążek na gardzieli i wydłużone pióra za okiem są czarne. Żyje w Europie, Azji i Afryce. Przebywa w pobliżu większych wód, które są źródłem jej pokarmu. Najczęściej poluje na płytkich wodach i łąkach na tzw. białe ryby, płazy bezogonowe, owady i drobne ssaki, które przebija dziobem. Dorosłe czaple spożywają w ciągu doby 350-500 g pożywieniu. Często czatuje nieruchomo, z wyciągniętą szyja na brzegu zbiornika. W czasie lotu szyję ma wygiętą w kształcie litery S, zaś nogi wyciągnięte wzdłuż ciała. Skrzydłami wykonuje powolne ruchy, przypominające wiosłowanie.
Gniazduje w koloniach. Gniazda z chrustu, przeważnie na wysokich drzewach, miękko wyściela. Lęgi z 3-5 jaj odbywają się w marcu - maju. Jaja wysiadują oboje rodzice około 25-28 dni. Młode, które po 50 dniach są zdolne do latania, przez dłuższy czas powracają jeszcze do gniazda. Rodzice podają młodym pokarm najpierw do dziobów później kładąc na brzeg gniazda.
Rezerwat "Czapli Stóg" liczy ok. 80 gniazd czapli siwej. Na poszczególnych, drzewach w dość znacznym zasięgu, znajduje się po kilka pokaźnych gniazd, wykorzystanych przez wiele lat. Na założenie właśnie w tym miejscu tak licznej koloni miało wpływ szereg uwarunkowań, do których głównie należy zaliczyć bezpośrednią bliskość koryta Bugu i meandrującej Krzny. Rzeki te wraz z licznymi starorzeczami i rozległymi zalewami wiosną łąkami stanowią doskonała bazę pokarmową. Usytuowanie czaplińca w południowej czyści drzewostanu, na pewnym nasłonecznionym wywyższeniu terenu, stwarza korzystne warunki cieplne, tak ważne w czasie wysiadywania jaj oraz umożliwia dogodny transport pożywienia przez dorosłe ptaki w czasie karmienia młodych (z "Informatora" Dyrekcji Parku).


W granicach gminy Terespol planuje się utworzenie kolejnych rezerwatów przyrody.
-"Bużny Most"- rezerwat florystyczno-krajobrazowy obejmujący zakola Bugu na północny wschód od wsi łęgi,
-"Budryki"- leśny rezerwat w kompleksie lasów o tej samej nazwie. Na południe od granicy otuliny Podlaskiego Parku Krajobrazowego rozciąga się Nadbużański Obszar Chronionego Krajobrazu. Utworzony w 1990 r, obejmuje cenne przyrodniczo tereny 11 gmin nadbużańskich. W gminie Terespol chronione są lęgi wierzbowo-topolowe, murawy zaroślowe oraz licznie występujące trzy gatunki awifauny związane z nieuregulowanymi rzekami i dolinami: brodziec piskliwy brzegówka, zimorodek. Planowane jest powiększenie obszaru chronionego krajobrazu o ok. l50 ha w południowo-zachodniej części gminy, a także utworzenie rezerwatu przyrody "Bór bagienny" w pobliżu wsi Zastawek.

W gminie Terespol znajdują się 4 pomniki przyrody:
  • głaz narzutowy w postaci kamiennego krzyża (Kamienna Baba),
  • lipy drobnolistne w parku Krzyczewie,
  • jałowce pospolite na powierzchni 4,32 ha w uroczysku Zastawek
  • topola biała w Neplach
Planowane jest utworzenie kolejnych 13 pomników przyrody w tej gminie.
Użytki ekologiczne tworzą 2 śródleśne obiekty, w planie jest objęcie ochroną kolejnych 9 obiektów. 32 zbiorowiska na obszarze gminy uznano za ginące lub zagrożone wyginięciem w skali kraju lub regionu; 30 gatunków roślin podlega ochronie, z czego 18 - całkowitej,12 -częściowej, a 72 gatunki należą do rzadkich.
Kilkanaście gatunków występujących tu ptaków najeży do rzadkich w skuli kraju, regionu. Są to między innymi: bocian czarny, zausznik, błotniak stawowy, pustułka, derkacz, bekas, rycyk, dudek. Lasy w gminie zajmują powierzchnię 2017 ha. Wchodzą one w skład nadleśnictwa Chotyłów (leśnictwa w: Terespolu, Neplach i Kodniu). Przyroda gminy jest jednak coraz bardziej zagrożona przez, postęp cywilizacyjny i działalność człowieka. Zagrożenia niosą przede wszystkim trasy komunikacyjne (istniejące i planowane